近期，小编在进行以前年度企业所得税风险应对工作时发现，一些房地产开发企业通过政府招标、拍卖、挂牌的招拍挂方式取得新增建设用地的土地使用权后，不仅支付了土地使用费，申报缴纳了契税、土地使用税，还缴纳了耕地占用税。针对这笔几十万到几百万元不等的耕地占用税，部分房地产开发企业的做法是：作为土地取得成本，在企业所得税税前扣除。
房地产开发企业通过政府招拍挂方式取得的土地，属于建设用地，企业并非耕地占用税的纳税主体，无须缴纳耕地占用税。已经缴纳的耕地占用税能否在土地增值税清算时加计扣除，又能否在企业所得税税前扣除，业界存在不同观点，是企业税务风险“雷点”所在。
根据《耕地占用税法》的规定，凡在我国境内占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设的单位和个人，是耕地占用税的纳税人，应当依照有关规定缴纳耕地占用税。其中，耕地指用于种植农作物的土地。需要注意的是，占用耕地建设农田水利设施的，不需要缴纳耕地占用税。
同时，按照《耕地占用税法实施办法》的规定，将农用耕地转为建设用地，不同情况下的纳税主体有差异。具体来说，如果是经申请批准占用耕地的，纳税人为农用地转用审批文件中标明的建设用地人；如果农用地转用审批文件中未标明建设用地人，纳税人为用地申请人；如果未经批准占用耕地，纳税人则是实际用地人。
从我国土地收储制度和经营性用地招拍挂制度的实际情况来看，在农用耕地转为建设用地过程中，当地政府为实际农用地专用审批文件中标明的用地申请人，需履行耕地占用税纳税申报义务。
不过，实务中通常是由土地收储中心向财政部门申请资金，代当地政府依法履行耕地占用税纳税申报义务。具体来说，农业耕地变为建设用地，需要由当地政府向土地收储中心提出申请，经上级相关部门审核批准后，列入购买计划。此时，由于无法确定具体的建设用地人，因此，农用地转用审批文件中并未标明建设用地人，土地收储中心作为名义上的用地申请人，需要履行耕地占用税的纳税义务。当农业耕地由土地收储中心收储，并进行市场公开竞拍时，土地性质是建设用地，房地产开发企业通过政府公开招拍挂方式取得的土地为建设用地，企业没有耕地占用税纳税义务。
财政部、国土资源部、中国人民银行联合发布的《关于加强土地成交价款管理规范资金缴库行为的通知》（财综〔2009〕89号）规定，由市县人民政府作为用地申请人缴纳耕地占用税的，所需缴纳的税款可以通过土地出让支出预算予以安排；已缴税款在土地出让时计入土地出让底价，不得在土地成交价款外单独收取。
换句话说，房地产开发企业通过政府招拍挂方式取得土地使用权时，支付的土地成交价款中已经包含了耕地占用税，因此无须再单独缴纳税款。
对此，建议房地产开发企业，在取得国有土地时，要准确判断自身纳税义务。必要时，可及时与主管税务机关沟通，针对多缴纳的耕地占用税，可以根据《税收征收管理法》的规定，向主管税务机关申请退税，避免给企业带来不必要的负担。
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